O primeiro projeto para a criação da bandeira do Município de Jacareí foi de autoria do ex-prefeito Benedicto Sérgio Lencioni e se transformou na lei nº 639, de 31 de março de 1961.

No dia 16 de março de 1961, o projeto de lei sobre a criação da bandeira foi aprovado em primeira discussão, sem votos contrários, e na segunda discussão recebeu emenda aditiva, acrescentando o parágrafo 1º ao artigo 2º do projeto, determinando-se que o Instituto Histórico e Geográfico do Estado fosse consultado para a confecção da Bandeira. A emenda foi aprovada sem votos contrário e o projeto aprovado no dia 23 de Março de 1961, convertendo-se na lei nº 639.

O projeto não instituía a bandeira, mas autorizava o Conselho Municipal de Cultura Artística a realizar concurso entre a classe estudantil e população em geral para a criação do símbolo. Esta lei, porém, não foi cumprida.

Em 1968, o prefeito José Christóvão Arouca enviou à Câmara Municipal projeto de lei instituindo a Bandeira do Município. O projeto data de 20 de março de 1968. O presidente da Câmara, vereador Aldo Lopes da Costa, tomou ciência do projeto no dia 2 de abril de 1968 e neste mesmo dia, por meio de duas votações, o projeto foi convertido em lei.

A lei 1.167, de 2 de abril de 1968, tem a seguinte redação:
Artigo 1º – Fica criado o símbolo de Jacareí com as seguintes características:

Bandeira de Jacareí

a) Sobre o campo formado por duas faixas de branco e vermelho o brasão de armas do Município;

b) Sob este brasão lista de preto, branco e vermelho, em forma de cruz evocando não só a origem cristã, como também as cores do Estado de São Paulo, em cuja bandeira estas lembram as três raças que o fizeram grande;

c) O branco é a pureza dos ideais, a tradição e a nobreza das ações pelo bem comum e o vermelho o espírito de luta, a capacidade realizadora do povo jacareiense.